[原创]求助,建筑税法的问题

有一个基建项目,建设单位是甲公司,总承包单位是乙公司,乙公司经甲公司同意,把其中有一个消防专业工程分包给丙公司施工。丙公司只有与乙公司有合同关系,结果在建期间,丙公司不经乙公司的同意,直接向甲公司申请工程款15万元,而甲公司当时即在99年也给了工程款15万元丙公司,目前即在2007年出现的问题是,该工程的造价已于2003年经中介机构审核,现在乙公司向甲方提出要收回15万元的工程款,因为收15万元就有相应的管理费收,但甲公司及丙公司都提出,钱的支付和收取已于03年在财务上处账了,且已交税,如果现在走回一个程序,就意味着向交双重税,对于此问题,请问,乙公司应如何处理?